Vaikka ilmanvaihtojärjestelmä olisi alun pitäen hyvin suunniteltu, voivat toteutusvaiheessa sattuneet asennusvirheet sekä etenkin ilmanvaihdon virheellinen käyttö ja ylläpito johtaa ilmanvaihdon toimimattomuuteen. Toimivan ilmanvaihdon olemassa oloa ei välttämättä edes huomaa, minkä vuoksi huomiot liittyvätkin yleisimmin juuri ongelmiin. Seuraavassa on käyty läpi eri ilmanvaihtojärjestelmien tyypillisimpiä ongelmia sekä syitä niiden taustalla.