Vaikka ilmanvaihtojärjestelmä olisi alunperin hyvin suunniteltu, voivat toteutusvaiheessa sattuneet muutokset ja asennusvirheet sekä etenkin ilmanvaihdon virheellinen käyttö ja ylläpito johtaa ilmanvaihdon toimimattomuuteen. Toimivan ilmanvaihdon olemassaoloa ei kuuluisi oikeastaan erityisemmin edes huomata, minkä vuoksi huomiot liittyvätkin yleisimmin juuri ongelmiin. Seuraavassa on käyty läpi eri ilmanvaihtojärjestelmien tyypillisimpiä ongelmia sekä syitä niiden taustalla.