Aurinkosähköjärjestelmän käyttö on kohtalaisen yksinkertaista. Lähtökohtaisesti paneeleille ja muulle järjestelmälle ei tarvitse tehdä kovin paljon huoltotoimia, yleensä järjestelmän toiminnan säännöllinen tarkastaminen ja seuranta riittää. Sade pitää paneelit yleensä puhtaina pölystä ja muista epäpuhtauksista. Paneeleiden päältä ei tarvitse myöskään poistaa lunta, koska sähkön tuotto on talvella hyvin vähäistä, eikä lumenpoistosta ole siten juuri mitään hyötyä. Kevätaurinko sulattaa lumet paneeleiden päältä nopeasti. Erittäin lumisina talvina kannattaa kuitenkin seurata, ettei paneeleiden kiinnikkeisiin, etenkin kelluvassa ankkuroinnissa, pääse kinostumaan suuria määriä lunta. Ammattimaiset lumenpudottajat osaavat yleensä operoida katoilla, joilla on paneeleita.
Aurinkosähköjärjestelmän läpivientejä kannattaa seurata säännöllisesti. Erityisen tarkkana kannattaa olla heti järjestelmän asennuksen jälkeen, jolloin on mahdollista huomata ajoissa, jos jokin tiivistys on viallinen. Pidemmän ajan seuranta kannattaa määrittää huollon tehtäväksi esimerkiksi kerran vuodessa muiden katon huoltotoimien yhteydessä. Esimerkiksi Motivan sivuilta voi tulostaa näppärän Aurinkosähköjärjestelmän huolto- ja seurantasuunnitelman.
Hyödyllinen ja samalla mielenkiintoinen asennuksen jälkeinen tehtävä on järjestelmän sähkön tuoton seuranta. Aluksi kannattaa tarkkailla, että järjestelmä alkaa toimia ja tuottaa sähköä. Muutaman kuukauden jälkeen saatuja tuottoja voi verrata muiden samantapaisten järjestelmien tuotantoon. Tietoa erilaisten järjestelmien tuotantomääristä löytyy esim. sunnyportal.com -sivustolta. Kun järjestelmä on toiminut ensimmäisen vuoden kannattaa varmistaa, että järjestelmä on tuottanut sen, minkä järjestelmän toimittaja takuuehdoissa lupasi. Myöhemmin tuottoja kannattaa seurata ainakin sen verran, että tuotanto on pysynyt suurin piirtein suunnitelmien mukaisissa rajoissa. Hyvä tapa on antaa järjestelmän tuotannon seuraaminen yhden hallituksen jäsenen vastuulle. Tuotannon seuraamisen kautta voi myös huomata, mikäli paneeleihin tai järjestelmään tulee vikoja.
Aurinkosähköjärjestelmä on erittäin pitkäikäinen. Järjestelmän voi hyvinkin olettaa kestävän ainakin 30 vuotta. Laadukas invertteri kestää yleensä noin 15 vuotta. On myös hyvä huomioida, että paneeleiden tuotantoteho putoaa noin 0,5 % vuodessa.